Der Unterricht an der Ludwig-Windthorst-Schule ist im Wesentlichen nach dem Doppelstundenprinzip organisiert. 90minütige Unterrichtszeiten ermöglichen eine intensive Erarbeitung der Themen und effektivere Übungsphasen. Zudem kann die Entwicklung von Arbeitsstrategien und Lernmethoden kontinuierlich gefördert werden. Aufgrund der geringeren Fächerzahl pro Schultag reduzieren sich sowohl Vorbereitungszeiten für Schüler und Lehrer als auch das Gewicht der Schultaschen.

Die Doppelstunden liegen in der in der 1./2. Stunde, 5./6. Stunde und in der 7./8. Stunde. Einzelstunden werden aus planungstechnischen Gründen in die 3. und 4. Stunde gelegt.